孤枪手怪物基地主要分布在游戏主关卡的地下实验室、废弃矿井、地下通道和外星传送门区域。核心巢穴集中在第二、五、七、八层的深处区域，以及最后一层的地下核心控制室。
进入游戏后，从第一层前进到第二层，降落在基地内。打破前面的墙壁进入通道并清除沿途的炸弹狗和士兵。到达空地后，摧毁四个角的黄色能量装置即可解锁门。如果继续深入的话，会遇到三个怪物巢穴。这是第一个集中的怪物培育基地。必须优先摧毁巢穴以阻止怪物生成。飞行过程中，需要按住鼠标右键起飞，清除空中炮塔并补充燃油。到达上层平台后，有3个母窝。其中一个平台设有燃料供应点。经过反复升降和清理后，进入绿色大门，穿过隧道到达基地核心前室。第五层深入地下实验室。这里是变异怪物的集中繁殖地。通道两侧和房间内都有巢穴。黄蝎、枪龙等远程怪物集中刷新。采用画屏的方法逐步推进。首先清除快速的近战怪物，然后再处理远程单位。激光门卡住是用来让怪物互相残杀以减少正面消耗。第七层的M2基地位于野外深处。一路上密密麻麻都是爆虫和手雷怪。驾驶车辆可以提高生存能力。基地的外角和内角都隐藏着补给点。核心区域的巢穴和大型变种人需要集中火力攻击弱点，并使用范围伤害武器快速清理该区域。第八层的ME-2基地是重点目标。整个过程是通过地下通道和封闭的房间进行的。怪物从四面八方刷新。优先摧毁房间内的发电机和巢穴。补给被切断后，清除剩余的敌人，避免被包围，陷入消耗战。
在探索怪物基地时，武器搭配至关重要。前期用霰弹枪对付近战群。中期改用自动炮和能量武器来对付远程和重装甲单位。后期携带火箭筒、榴弹发射器快速摧毁巢穴。资源收集需要贯穿整个过程。弹药、装甲和升级芯片经常从基地角落的隐藏点掉落。通过摧毁特定的墙壁，你可以进入隐藏的房间来获得关键物资。战斗中不断移动，利用碉堡避免远程攻击，遇到大量怪物时采用撤退和拉扯战术，批量引诱怪物消灭它们，避免因贪得太多而被打。母巢是基地的核心，必须先破坏，否则怪物会不断刷新。当母巢全部被清除后，基地内的怪物就会停止刷新，然后逐渐清除剩余的敌人，完成区域探索。
