要召唤灵兽，必须先完成主线任务并提升等级。当角色等级达到45级时，通灵兽系统将自动解锁。你最初可能拥有忍者狗这样的基础通灵兽，但如果你想召唤它们进行战斗，你必须先完成签订契约的一小步，这通常需要消耗一些游戏内的铜资源。
当你进入通灵兽界面时，你会看到一个已解锁的通灵兽列表，这里不会自动显示。你需要点击类似设置或战斗设置的按钮，将你想要使用的通灵兽拖放到屏幕底部的有限战斗槽位中。一场战斗中通常只能设置和召唤数量有限的两到三只通灵兽。设置好之后，当你进入任何一场战斗时，无论是挑战副本还是玩家之间的对决，你都会在技能按钮上方看到一个与通灵兽对应的小图标。冷却时间到后，只需点击，心灵伙伴就会出现并发动独特的攻击或辅助技能。
提升通灵兽的主要方式是通过训练或者升级，这需要大量的声望和铜币。声望和铜币可以通过完成日常任务、挑战丰盛大厅、试炼之地等地下城活动来稳定获得。每一种灵兽都有等级限制。要将其修炼到满级，就必须将蟾蜍肯训练到满级，才能解锁与宇智波鼬相同的通灵兽乌鸦。
通灵兽可以装备勾玉或者各种属性的符文。这些道具可以额外增加攻击、防御等属性。通灵兽还可以通过消耗特定材料来升级或进阶。最好专注于培养一两个与你的主要忍者最配合的忍者。例如，如果你是进攻型，你应该专注于叠加伤害，如果你是防御或治疗型，你应该增强你的生存能力。
